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1结垢控制
当原水中的难溶盐在膜元件内不断被浓缩且超过其溶解度极限时，它们就会在反渗透膜表面上沉淀，我们称之为“结垢”。当水源确定后，随着反渗透系统的回收率的提高，结垢的风险就越大。目前出于水源短缺或排放废水对环境影响考虑，提高回收率是一种习惯做法，在这种情况下，考虑周全的结垢控制措施尤为重要。在反渗透系统中，常见的难溶盐为CaCO3、CaSO4和SiO2，其他会产生结垢的化合物为CaF2、BaSO4、SrSO4和Ca3(PO4)2。常用的阻垢方法是加阻垢剂。我车间用的阻垢剂为纳尔科的PC191，欧美的NP200。
2胶体和固体颗粒污染的控制
胶体和颗粒污堵会严重影响反渗透膜元件的性能，如大幅度降低淡水产量，有时也会降低脱盐率，胶体和颗粒污染的初期症状是反渗透膜组件进出水压差增加。
判断反渗透膜元件进水胶体和颗粒最通用的办法是测量水中的SDI值，有时也称FI值（污染指数），它是监测反渗透预处理系统运行情况的重要指标之一。
SDI（淤泥密度指数）是以单位时间内水滤过速度的变化来表示水质的污染性。水中胶体和颗粒物的多少会影响SDI大小。SDI值可用SDI仪来测定。3膜微生物污染控制
原水中微生物主要包括：细菌、藻类、真菌、病毒和其他高等生物。反渗透过程中，微生物伴随水中溶解性营养物质会在膜元件内不断浓缩和富集，成为形成生物膜的理想环境与过程。反渗透膜元件的生物污染，将会严重影响反渗透系统的性能，出现反渗透组件间的进出口压差迅速增加，导致膜元件产水量下降，有时产水侧会出现生物污染，导致产品水受污染。如某些火电厂反渗透装置在检修时发现，膜元件及淡水管侧长满绿青苔，这是一种典型的微生物污染。
膜元件一旦出现微生物污染并产生生物膜，对膜元件的清洗就非常困难。此外，没有彻底清除的生物膜将引起微生物的再次快速的增长。因此微生物的防治也是预处理的最主要任务之一，尤其是对于以海水、地表水和废水作为水源的反渗透预处理系统。
防止膜微生物的方法主要有：加氯、微滤或超滤处理、臭氧氧化、紫外线杀菌、投加亚硫酸氢钠。在火电厂水处理系统常用的方法是加氯杀菌和在反渗透前采用超滤水处理技术。
氯作为一种灭菌剂，它能够使许多致病微生物快速失活。氯的效率取决于氯的浓度、水的pH值和接触时间。在工程应用中，水中余氯一般控制在0.5～1.0mg/L以上，反应时间控制在20～30min，氯的加药量需要通过调试确定，因为水中有机物也会耗氯。采用加氯杀菌，最佳实用pH值为4～6。
在海水系统中采用加氯杀菌与苦咸水中的情况不同。通常海水中还有65mg/L左右的溴，当海水进行氯的化学处理时，溴会首先与次氯酸反应生成次溴酸，这样其杀菌作用的是次溴酸而不是次氯酸，而次溴酸在pH值较高的情况下不会分解，因此，海水采取加氯杀菌效果比在苦咸水中要好。
由于复合材质的膜元件对进水余氯有一定要求，因此，采用加氯杀菌后，需要进行脱氯还原处理。
ASBR的基本操作厌氧序批式反应器的操作过程包括进水、反应、沉淀、排水4个阶段。也有设置空转阶段，系指本周起出水结束到下一周期进水开始质检的时间间隔，可根据具体水质及处理要去进行取舍。
进水阶段：废水进入ASBR反应器，同时由生物气、液体再循环搅拌或机械进行搅拌，基质浓度迅速增加，根据Monod动力学方程，微生物代谢速率也相应增大，直到进水完毕达到最大值。进水体积由下列因素决定：设计的HRT、有机负荷OLR及预料的污泥床沉降特性等。
反应阶段：该阶段是有机物转化为生物气的关键步骤，所需时间由下列参数决定：基质特征及浓度，要求的出水质量、污泥的浓度，反应的环境温度等，其中搅拌对COD去除率及甲烷产量的影响，在颗粒成长过程中的有重要作用。
沉淀阶段：停止搅拌，让生物团在禁止的条件下沉降，形成低悬浮固体的上清液。反应器此时变成澄清器，沉降时间可根据生物团的沉降特性确定，典型时间在10~30min间变化，沉降时间不能过长，否则因生物气继续产出会造成沉降颗粒重新悬浮。混合液悬浮固体浓度（MLSS）、进料量与生物团量之比(F/M)是影响生物团沉降速率及排除液清澈程度的重要可变因素。
排水阶段：充分的液固分离完成后，将上清液排出，排水体积等于进水体积。排水时间由每次循环排水的总体积和排水速率决定。排水结束后，反应器将进入下一个循环，对于的生物团定期排出。